南红和玛瑙的区别在内部结构、手感、价格上，南红的内部结构中有明显且均匀分布的红点，胶手感会更强，其价格也比玛瑙高很多;而玛瑙内部结构中没有明显的红点，有着玻璃质感，价格也比南红便宜很多。

两者在内部结构上有很大区别，使用手电筒照射南红内部时可以看到均匀分的红点，是由无数个红点组成南红的红色，而玛瑙使用手电筒照射时，内部是没有明显的红点。

虽然南红属于玛瑙，但是它的质地更接近玉，同时南红的胶手感会更强，且表面上很少有瑕疵，长期把玩会有着像和田玉一样的温润感，而玛瑙则呈现出玻璃质感，长期把玩会感觉有一层蜡隔在玛瑙和手之间。

两者在价格上也有差距，因为南红的产量稀缺，市场需求量巨大，开采的成本也不小，就导致南红的价格一路飙升，而玛瑙的存储量大，正所谓物以稀为贵，所以价格就会比南红便宜一点。